Softwarová vrstva, která v reálném čase řídí a koordinuje fyzická automatizační zařízení ve skladu - dopravníkové systémy, třídicí systémy, regálové zakladače nebo shuttle systémy. WCS přijímá úkoly z nadřazeného WMS (případně WES) a překládá je do konkrétních povelů pro jednotlivé stroje a jejich řídicí PLC jednotky, zároveň hlásí zpět stav a případné poruchy zařízení. Zjednodušeně: WMS rozhoduje, co a odkud se má přesunout, WCS rozhoduje, jak přesně to daný stroj fyzicky provede.
